Muskelregisteret har som mål å få oversikt over spekteret av arvelige nevromuskulære sykdommer i Norge og bidra til å forbedre kvaliteten på diagnostikk og behandling av disse tilstandene. Registeret skiller seg fra mange av de andre kvalitetsregistrene ved av det omfatter mange ulike sykdommer, at tilstandene er sjeldne, og ved at det per i dag bare finnes kausal (årsaksrettet) behandling for et fåtall.
Mange av variablene er ikke ment å brukes som kvalitetsmål, men gir deskriptive data som egner seg til å få oversikt over forekomst og naturlig sykdomsforløp av diagnostiske undergrupper på mutasjonsnivå, sosialt funksjonsnivå og udekkete tjenestebehov. Det er likevel mulig å se på ulike kvalitetsmål i spesialisthelsetjenesten, som for eksempel hvor stor andel som får en genetisk diagnose, tiden det tar fra utredningen starter og til diagnosen er stilt, om noen aktuelle grupper mangler genetisk veiledning, hjerteoppfølging eller oppfølging hos nevrolog eller barnelege.
Fordi leger over hele landet inkluderes i registreringen kan registeret føre til mer utbredt oppmerksomhet mot og kunnskap om disse sjeldne sykdommene og viktige kvalitetsområder. Dette kan føre til bedre oppfølging for pasientgruppen. Registeret har i 2018 besluttet at det de neste årene vil ha hovedfokus på spinal muskelatrofi (SMA), dystrophia myotonica type 1 (DM 1) og Duchenne muskeldystrofi (DMD) i kvalitetsmålingene basert på kompleksiteten i oppfølgingsbehovene og størrelse på pasientgruppene.
Registeret kan bidra til kvalitetsforbedring også på andre måter. Gjennom å fasilitere rekruttering til kliniske studier/forsøk og evt. internasjonale/globale registre kan det bidra til kunnskapsdeling og kunnskapsutvikling samt fremskyndet behandling for pasientgruppen. Registeret tilgjengeliggjør også pasienter for ny behandling etter hvert som dette lanseres. Uten et register kan det være vanskelig å nå pasientene.